Этого положения придерживаются почти все христианские церкви нашего времени, однако Египетская церковь, не отрицая существования двух природ, придает особое значение их единству в Воплощении. Поэтому коптов прозвали монофизитами
(от450 г.
После смерти восточного императора Феодосия II (правил в 408–450 гг.), который был слабой и нерешительной личностью, особенно в церковных делах, к власти приходит его отчим Марциан (правил в 450–457 гг.), человек с сильным характером, видный военный. Он использует свое влияние, чтобы дать задний ход решениям «Разбойничьего собора».451 г.
Марциан заключает мирный договор с блеммиями, позволяя им каждый год посещать храм Исиды на острове Филэ и брать на время культовую статую для процессий. Тем самым он на столетие оградил святилище в Филэ от превращения в христианский храм. Марциан созывает Халкидонский собор, который стал критической точкой для истории александрийского влияния в церковных делах. Собор утвердил положение о двух природах Христа и объявил монофизитство ересью, отделив тем самым Египетскую церковь от основной массы христиан. Диоскор был привлечен к суду за поведение, неприличествующее духовному лицу, и незаконное присвоение церковного имущества, а также за то, что считал себя властителем Египта, а не префектом империи. Диоскор был отлучен от церкви, лишен сана и отправлен в ссылку, где и умер три года спустя. Халкидон стал политическим поражением для Египта, который погрузился в атмосферу ксенофобии. Монофизитство с этого времени становится национальной египетской религией, которая противостоит имперскому вероучению. Приверженцы последнего в Египте стали именоваться мелкитами, от семитского слова452 г.
Последняя известная нам демотическая надпись была сделана 11 декабря в храме Исиды на острове Филэ.476 г.
Западная Римская империя пала иод ударами варваров.480 г.
Несмотря на то, что язычники подвергались преследованиям со стороны христиан, жители селения Менуфис возле Канопуса, к востоку от Александрии, почитают древних египетских богов в своих домах.Ок. 530 г.
Император Юстиниан (правил в 527–565 гг.) основывает на Синае греческий монастырь св. Екатерины.Ок. 540 г.
Начало обращения в христианство нубийских племен нубадов и блеммиев.543 г.
Император Юстиниан закрывает храм Исиды на острове Филэ, заключает в тюрьму жрецов и увозит культовые статуи в Константинополь.Ок. 553 г.
Часть храма Исиды на острове Филэ превращена в церковь, о чем свидетельствует современная событиям греческая надпись: «Это благое дело было совершено угодником Божиим, епископом Феодором. Вера Христова победила и всегда будет побеждать».570 г.
С этого времени одновременно существуют два александрийских патриарха — мелкитский и коптский (моиофизитский). В определенной степени это отражает этническое деление жителей города на греков и египтян. Греческие церкви в основном располагались возле гавани, египтяне, как правило, устраивали свои храмы возле разрушенного Серапеу-ма в квартале, который некогда назывался Ракотида.613–615 гг.
Персы во главе с Хосроем нападают на Византийскую империю и захватывают Иерусалим, многие жители которого бегут в Александрию.616 г. Персы
наступают на Египет.617 г.
Весной персы берут построенную Траяном крепость Вавилон, на полпути между Гелиополем и Мемфисом, а концу года — Александрию.618 г.
Персы-зороастрийцы подчиняют себе весь Египет. Они проявляют особую враждебность в отношении египетских христиан, запрещают рукоположение епископов и убивают 700 монахов в их пещерных кельях.622 г.
Византийский император Ираклий (правил в 610–641 гг.) весной начинает военную кампанию против персов.16 июля Мухаммед
бежит из Мекки в Медину. Это бегство известно как627 г.
Ираклий вторгается в Персию, которая просит о мире. Египет возвращается под власть Византии.