Дискриминация и тяжелые налоги вызвали возмущение среди коптов, чья национальная гордость уже была задета появлением арабов и постоянным проникновением в Египет кочевых племен. Это привело к череде коптских восстаний,
которые удалось подавить только с помощью массового кровопролития. После одного из таких восстаний, в 726 г., власти предприняли первое широкомасштабное переселение арабов в Египет. Многие копты приняли ислам после жестоких репрессий 832 г.; будучи не в состоянии платить налоги, в том числе из-за того, что состояние ирригационной системы становилось все хуже, они перебирались в города и оставляли большие земельные угодья необработанными.В 870 г. Аббасиды назначили наместником Египта турецкого генерала ибн Тулуна,
но он провозгласил независимость от Багдада. Впервые со времен Птолемеев Египтом стал править человек, который начал развивать экономический потенциал страны для ее же собственного блага. Ибн Тулун восстановил систему орошения, тем самым повысив производительность сельского хозяйства, и реформировал налогообложение, освободив египтян от непосильного бремени. Величественная мечеть, носящая его имя, по-прежнему является самой большой в Каире и второй по древности во всем Египте после сильно перестроенной мечети Амра в Фустате.В 905 г. Аббасиды вновь отобрали Египет у менее талантливых преемников ибн Тулуна, но владычество Багдада продержалось только тридцать лет, до того момента, когда еще один турецкий наместник, Ихшид,
основал свою собственную правящую династию. В 969 г. она была свергнута, на сей раз арабскими правителями из рода Фатимидов, которые, используя созданную ибн Тулуном и Ихшидом сильную административную систему, сделали Египет независимым государством.«Многим воинам этой армии удалось повидать прекрасные города Палестины — Эдессу, Дамаск, Иерусалим; некоторые, возможно, даже любовались на легендарные красоты Антиохии и чудеса Пальмиры; но ничто не могло сравниться с величием города, который теперь вырастал перед их глазами, пока они проходили через сады, виноградники и монастыри на его окраинах. Даже в седьмом столетии Александрия все еще оставалась прекраснейшим городом в мире: за исключением разве что древнего Карфагена и Рима, ни один строитель не возводил ничего подобного ни до, ни после. На всем пространстве, которое можно было окинуть взглядом, тянулась бесконечная цепочка стен и башен, которые и спустя много столетий будут вызывать восторг у путешественников. За стенами и над ними сверкали купола и фронтоны, колонны и обелиски, статуи, храмы, дворцы… а на заднем плане над морем возвышался огромный монумент — Фаросский маяк, который по праву был причислен к чудесам света. Даже в душах этих полудиких воинов пустыни зародилось непривычное волнение, вызванное величием и пышностью, а также мощью и размерами этой столицы, которую они пришли подчинить себе…»
640 г.
В январе арабский полководец Амр ибн аль-Ас после месяца осады захватывает средиземноморский порт Пелусий в северо-восточной части Дельты. Весной он подступает к стенам византийской крепости Вавилон.Войско мусульман было ослаблено после нескольких недель военных действий, и Амр, осознавая, что у него недостаточно сил для взятия крепости, посылает в Аравию за подкреплением.
Тем временем сам он переправляется через Нил, идет к юту, минуя Мемфис, который пришел в упадок после основания Александрии, и предпринимает набег на Файюм, где встречает энергичное сопротивление и вынужденно отступает.