«Более чем вероятно, что мы обязаны этим отшельникам первой проповедью евангелия в Англии, где до св. Августина преобладал египетский монашеский устав. Но еще более важно понимание того, что ирландское христианство, великий распространитель культуры и цивилизации среди северных народов эпохи раннего Средневековья, было детищем Египетской церкви».
391 г.
24 февраля Феодосий издает декрет, запрещающий любые проявления язычества на территории империи.16 июня издан второй эдикт о запрете языческих культов, адресованный непосредственно жителям Александрии
и Египта. Этот документ, приравнивающий язычество к государственной измене, побудил патриарха Феофила повести воинственно настроенную толпу на Серапеум, который был варварски разрушен. Библиотека, насчитывавшая 40 тысяч книг, была уничтожена. К этому времени от половины до двух третей населения Египта исповедовали христианство.394 г.
Последняя известная нам иероглифическая надпись, найденная на острове Филэ, сообщает о празднестве в честь рождения Осириса (24 августа).395 г.
Наследниками Феодосия становятся его сыновья, которые официально оформляют разделение Римской Империи. Гонорий правит на Западе, а Аркадий (правил в 395–408 гг.) — на Востоке. Этот год считается условной датой начала существования Византийской империи (хотя некоторые ведут ее историю от 324 г., другие — от 527 г.).407 г.
Демотическая надпись из Филэ показывает, что культ Исиды сохраняет там свою популярность.410 г.
Бедуины разоряют монастыри Вади-Натрун, вестготы захватывают Рим.412 г.
Патриарха Феофила сменяет его племянник Кирилл (правил в 412–444 гг.), который до этого пять лет провел в монастырях и мог рассчитывать на поддержку монахов. Он настраивает мойахов и александрийскую чернь против евреев, которых лишают имущества и изгоняют из города. При жизни Кирилла с его авторитетом и мнением считались как Восточная, так и Западная церкви.415 г.
Кирилл решительно берется за подавление деятельности философских школ в Александрии и натравливает повинующуюся ему толпу монахов на Гипатию, язычницу и философа-неоплатоника. Они притащили ее в церковь и растерзали, вооружившись битой черепицей.Ок. 421 г.
Блеммии возобновляют свои набеги из Нубии на территорию Верхнего Египта. 20 тысяч беженцев ищут спасения за стенами Белого монастыря возле Сохага.444 г. Диоскор
(правил в 444–454 гг.) становится патриархом Александрийским после Кирилла. Он унаследовал очень влиятельный как в духовном, так и в мирском отношении пост. Его называют «фараоном Церкви». В годы патриаршества Диоскора монах из Константинополя по имени Евтихий стал утверждать, что Христос обладал только одной природой, в которой человеческое и божественное было слито. Это учение известно под названием «монофизитство».448 г. Флавиан,
патриарх Константинопольский, отлучает Евтихия от церкви, утверждая дуальную природу Христа, в которой божественное и человеческое начала отличны друг от друга. Его поддерживает римский папа Лев. Однако Диоскор становится на сторону Евтихия.449 г.
Египетские монофизиты присутствуют на церковном соборе в Эфесе, который впоследствии стал известен как «Разбойничий собор» из-за необузданного поведения монахов. Диоскор главенствует на заседаниях собора, он отлучает от церкви римского папу и смещает епископов Антиохийского и Константинопольского. Этот собор стал кульминацией александрийского влияния на церковные дела.В споре между Арием и Афанасием было решено, что Христос и Бог-Отец единосущны, хотя по Никейскому вероопределению, принятому в 325 г., Христос был также и человеком. Это было закреплено Халкидонским собором
в 451 г., когда большинство собравшихся согласились с тем, что Христос познаваем в двух природах, человеческой и божественной, добавив к этому, что они неслиянны и неизменны, но в то же время неразделимы и неразлучимы.