Тем не менее, воодушевленный успехами в Италии и мало зная об исламе, Франциск решил отправиться в Сирию и обратить мусульман, даже султана. В 1212 году он отплыл из итальянского порта, но шторм выбросил его корабль на далматинское побережье, и он был вынужден вернуться в Италию; легенда, однако, рассказывает, как «святой Франциск обратил вавилонского солдата».58 В том же году, гласит история, вероятно, также мифическая, он отправился в Испанию, чтобы обратить мавров; но по прибытии он так сильно заболел, что его ученикам пришлось вернуть его в Ассизи. Другой сомнительный рассказ переносит его в Египет; как нам говорят, он невредимым прошел в мусульманскую армию, сопротивлявшуюся крестоносцам в Дамиетте; он предложил пройти сквозь огонь, если султан пообещает привести свои войска к христианской вере в случае, если Франциск выйдет невредимым; султан отказался, но велел святому благополучно дойти до христианского лагеря. Ужаснулся ярости, с которой воины Христа истребляли мусульманское население при взятии Дамиетты,59 Франциск вернулся в Италию больным и опечаленным. Говорят, что к леденящей душу малярии он добавил в Египте глазную инфекцию, которая в последующие годы почти уничтожила его зрение.
Во время этих долгих отлучек святого его последователи множились быстрее, чем это было полезно для его правления. Его слава принесла новобранцев, которые принимали обеты без должного размышления; некоторые сожалели о своей поспешности; многие жаловались, что правила слишком суровы. Франциск неохотно шел на уступки. Несомненно, и то, что расширение ордена, разделившегося на несколько домов, разбросанных по Умбрии, предъявляло к нему такие требования к административному мастерству и такту, которые его мистическая поглощенность вряд ли могла удовлетворить. Однажды, как нам рассказывают, когда один монах злословил другого, Франциск велел ему съесть комок оленьего навоза, чтобы его язык больше не чувствовал зла; монах послушался, но его собратья были больше потрясены наказанием, чем проступком.60 В 1220 году Франциск сложил с себя руководство, велел своим последователям избрать другого министра-генерала и с тех пор считал себя простым монахом. Однако год спустя, обеспокоенный дальнейшими послаблениями первоначального (1210 г.) правила, он составил новое правило — свой знаменитый «Завет», — направленное на восстановление полного соблюдения обета бедности и запрещающее монахам переезжать из своих хижин на Портиункуле в более благоприятные кварталы, построенные для них горожанами. Он представил это правило Гонорию III, который передал его на доработку комитету прелатов; когда оно вышло из их рук, в нем было дюжина поклонов Франциску и столько же послаблений в правилах. Предсказания Иннокентия III оправдались.
Неохотно, но смиренно повинуясь, Франциск посвятил себя жизни, состоящей в основном из уединенного созерцания, аскетизма и молитвы. Интенсивность его набожности и воображение время от времени приносили ему видения Христа, Марии или апостолов. В 1224 году с тремя учениками он покинул Ассизи и отправился через холмы и равнины в скит на горе Верна, недалеко от Кьюзи. Он уединился в одинокой хижине за глубоким оврагом, не разрешал никому, кроме брата Лео, посещать его, и велел ему приходить только два раза в день и не приходить, если не получит ответа на свой зов о приближении. 14 сентября 1224 года, в праздник Воздвижения Креста Господня, после долгого поста и ночи, проведенной в бдении и молитве, Франциску показалось, что он видит спускающегося с неба серафима, несущего изображение распятого Христа. Когда видение исчезло, он почувствовал странные боли и обнаружил на ладонях и тыльной стороне рук, на подошвах и верхушках ног, а также на теле мясистые наросты, напоминающие по месту и цвету раны-стигматы, предположительно сделанные гвоздями, которыми, как считалось, были прикованы конечности Иисуса к кресту, и копьем, пронзившим Его бок.*
Франциск вернулся в скит и в Ассизи. Через год после появления стигматов он начал терять зрение. Во время посещения женского монастыря святой Клары он полностью ослеп. Клара выхаживала его, чтобы вернуть зрение, и оставила на месяц в монастыре Святого Дамиана. Там в один из дней 1224 года, возможно, в радости выздоровления, он сочинил на итальянском языке поэтическую прозу «Кантиклу Солнца»:62