При наличии стольких сильных пап в свежей памяти Рима было вполне естественно, что Иннокентий основывал свою политику на вере в святость и высокую миссию своей должности. Он тщательно поддерживал пышность и величие папского церемониала и никогда не опускался на публике до императорского достоинства. Искренне считая себя наследником власти, которая, по общему признанию, была дана Сыном Божьим апостолам и Церкви, он вряд ли мог признать какую-либо власть равной своей. «Господь оставил Петру, — говорил он, — управление не только всей Церковью, но и всем миром».122 Он не претендовал на верховную власть в земных или чисто светских делах, за исключением папских государств;123 но он настаивал на том, что там, где духовная власть вступает в конфликт со светской, духовная власть должна быть выше светской, как солнце выше луны. Он разделял идеал Григория VII, согласно которому все правительства должны занять место в мировом государстве, главой которого должен быть папа, обладающий верховной властью над всеми вопросами справедливости, морали и веры; и на какое-то время он почти осуществил эту мечту.
В 1204 году, завоевав Константинополь крестоносцами, он осуществил одну часть своих планов: греческая церковь подчинилась епископу Рима, и Иннокентий мог с радостью говорить о «бесшовной одежде Христа». Под властью Римского престола оказались Сербия и даже далекая Армения. Постепенно он добился контроля над церковными назначениями и сделал могущественный епископат органом и слугой папства. Через удивительную череду жизненно важных конфликтов он привел властителей Европы к беспрецедентному признанию своего суверенитета. Его политика была наименее эффективной в Италии: он потерпел неудачу в неоднократных попытках положить конец войнам итальянских городов-государств, а в Риме его политические враги сделали его жизнь настолько небезопасной, что на некоторое время он был вынужден покинуть свою столицу. Король Норвегии Сверре (1184–1202) успешно сопротивлялся ему, несмотря на отлучение от церкви и интердикт.124 Филипп II Французский проигнорировал его приказ заключить мир с Англией, но уступил настояниям Папы, чтобы он вернул свою отвергнутую жену. Альфонсо IX Леонского уговорили отдать Беренгарию, на которой он женился в запрещенных степенях родства. Португалия, Арагон, Венгрия и Болгария признали себя феодальными вотчинами папства, и ежегодно посылали ему дань. Когда король Иоанн отверг назначение Иннокентием Лангтона архиепископом Кентерберийским, папа с помощью интердикта и проницательной дипломатии заставил его добавить Англию к списку папских вотчин. Иннокентий расширил свою власть в Германии, поддержав Оттона IV против Филиппа Швабского, затем Филиппа против Оттона, затем Оттона против Фридриха II, затем Фридриха против Оттона, в каждом случае требуя уступок папству в качестве цены за свою благосклонность и освобождая папские государства от угрозы окружения. Он напоминал императорам, что именно папа «перевел» imperium или императорскую власть от греков к франкам; что Карл Великий стал императором только благодаря папскому помазанию и коронации; и что то, что папы дали, они могут отнять. Один византийский посетитель Рима назвал Иннокентия «преемником не Петра, а Константина».125
Он пресекал все попытки светских властей обложить христианское духовенство налогами без папского согласия. Он выделял папские средства для нуждающихся священников и трудился над повышением уровня образования духовенства. Он повысил социальный статус духовенства, определив Церковь не как всех верующих христиан, а как все христианское духовенство. Он осудил поглощение епископатом или монастырем приходской десятины за счет приходского священника.126 Для исправления монашеской распущенности он приказал регулярно наблюдать и посещать монастыри и обители. Его законодательство упорядочило сложные отношения духовенства и мирян, священника и епископа, епископа и папы. Он превратил папскую курию в эффективный советник, администратор и судья; она стала самым компетентным органом управления своего времени, а ее методы и терминология помогли сформировать искусство и технику дипломатии. Сам Иннокентий был, вероятно, лучшим юристом эпохи, способным найти правовую поддержку в логике и прецедентах для любого принятого им решения. Юристы и ученые люди часто посещали «консисторию», где он председательствовал над кардиналами в качестве высшего церковного суда, чтобы получить пользу от его обсуждений и решений по вопросам гражданского или канонического права. Некоторые называли его Pater iuris, Отец Закона;127 другие, в шутку, называли его Соломоном III.128