661 г.
После убийства Али халифом становится наместник Сирии Муавия, представитель рода Омейя из Мекки. Муавия становится основателем династии Омейядов, которая правит в Дамаске. Их государство простирается от границ Китая до Франции и берегов Атлантики. Египетский Фустат в этот период остается малозначительным городом, в нем не строится практически ничего, достойного внимания.После смерти халифа Османа, представителя могущественного рода Омейядов из Мекки, Али
объявил себя законным наследником халифа, объясняя свои права женитьбой на дочери Мухаммеда Фатиме, а также своими глубокими теологическими познаниями. Но против него выступила Айша, любимая жена Мухаммеда, сторону которой принял весь род Омейядов и многие из оставшихся в живых соратников Мухаммеда. Али собрал войско и выиграл первую битву, но затем его авторитет стал ослабевать, а когда на его армию стали наступать мятежники, прикрепившие книги Корана к наконечникам своих копий, воины Али отказались сражаться. Али был убит, и халифат остался в руках Омейядов.Но настоящая рана была нанесена учению ислама, когда сын Али и Фатимы,
а следовательно потомок Мухаммеда, поднял восстание против Омейядов и в ожесточенном сражении был убит вместе со всеми своими людьми. В определенном смысле была пролита кровь самого пророка, так что для сторонников Али — шиитов — смерть Хусейна выглядела мученической и оставила пятно на репутации ортодоксальных мусульман — суннитов, которые всегда составляли большинство в исламском мире. С этих пор шииты не признают халифами никого, кроме потомков Али, в то время как сунниты навсегда отстранили от халифата потомков Мухаммеда. Спустя почти три столетия после смерти Али его последователи — Фатимиды — вторглись в Египет с намерением сделать эту страну базой для установления шиитского господства над всем исламским миром.664 г.
6 января в Фустате умирает Амр.674–678 гг.
Арабы осаждают Константинополь с суши и с моря. Не имея опыта в мореплавании, арабы полностью полагаются на материальные и людские ресурсы портовых городов Египта и Сирии. Осада заканчивается неудачей, византийцы разбивают арабов на суше.680 г. Хусейн,
сын Али и внук Мухаммеда, вместе со своими сторонниками погибает в битве с войсками Омейядов при Кербеле.681 г.
Племянник Амра Укба начинает завоевание Северной Африки.683–690 гг.
Соперничество арабских племен за власть в халифате приводит ко второй гражданской войне.697–698 гг.
Арабы берут Карфаген и продвигаются в Марокко и дальше к Атлантике.Ок. 700 г.
Верхняя часть Фаросского маяка обрушивается.705 г.
Принят закон, по которому единственным официальным языком в Египте становится арабский.710–711 гг.
Берберы-мусульмане переправляются через Гибралтарский пролив в Испанию, где захватывают Кордову и Толедо.712 г.
Арабские войска следуют за берберами в Испанию и захватывают Севилью.715–717 гг.
Полное уничтожение арабского флота и армии у стен Константинополя становится одной из причин ослабления власти Омейядов.725–726 гг. Копты —
коренные египтяне христианского вероисповедания, которые все еще составляют преобладающее большинство населения, — восстают против религиозной дискриминации и налогового бремени, наложенного на них мусульманами.«Усама ибн Заид аль-Танухи, сборщик налогов, еще больше притеснял христиан, поскольку он нападал на них, отбирал их имущество, с помощью железного кольца выжигал на руке каждого монаха его собственное имя, название монастыря и номер; а когда кого-либо находили без такого клейма, руку отрубали… Затем он совершил нападение на монастыри, нашел нескольких монахов без клейма, часть из которых он приказал обезглавить, а остальных — бить плетьми так долго, что те умирали, не выдержав наказания. Он сносил церкви, ломал кресты, сбивал росписи со стен, уничтожал все изображения».
727 г.
Омейядский халиф Хишам приказывает нескольким тысячам йеменцев переселиться в Египет. Возникает первое крупное арабское поселение на территории страны.