Фридрих обратился к управлению и со своего двора в Фоджии, в Апулии, решал проблемы слишком обширного королевства. В 1231 году он посетил Германию и подтвердил в «Статуте в пользу князей» полномочия и привилегии, которые он и его сын предоставили баронам; он был готов отдать Германию феодализму, если это позволит ему спокойно развивать свои идеи в Италии. Возможно, он осознал, что битва при Бувине положила конец немецкой гегемонии в Европе и что тринадцатый век принадлежит Франции и Италии. За свое пренебрежение Германией он поплатился восстанием и самоубийством сына.
Из многоголосых страстей Сицилии его деспотичная рука выковала порядок и процветание, напоминающие блеск правления Рожера II. Мятежные сарацины с холмов были захвачены, перевезены в Италию, обучены как наемники и стали самыми надежными солдатами в армии Фридриха; мы можем представить себе гнев пап при виде мусульманских воинов под предводительством христианского императора против папских войск. Палермо по закону оставался столицей Регно, как коротко назывались Две Сицилии; но реальной столицей была Фоджия. Фридрих любил Италию сильнее, чем большинство итальянцев; он удивлялся, что Яхве так много сделал для Палестины, когда Италия еще существовала; он называл свое южное королевство зеницей ока, «гаванью среди потопов, садом наслаждений среди тернового леса».30 В 1223 году он начал строить в Фоджии громадный замок-дворец, от которого сегодня сохранились только ворота. Вскоре вокруг него вырос целый город дворцов для проживания его помощников. Он пригласил дворян своего итальянского королевства служить пажами при его дворе; там они, расширив свои функции, стали управлять государством. Во главе всех них стоял Пьеро делле Винье, выпускник юридической школы в Болонье; Фридрих сделал его логотетом или государственным секретарем и любил его как брата или сына. В Фоджии, как и в Париже семьдесят лет спустя, юристы заменили духовенство в управлении; здесь, в государстве, ближайшем к престолу Петра, секуляризация власти была завершена.
Воспитанный в эпоху хаоса и наученный восточными идеями, Фредерик никогда не мечтал о том, что порядок, называемый государством, можно поддерживать только монархической силой. Похоже, он искренне верил, что без сильной центральной власти люди сами себя уничтожат или многократно обеднеют из-за преступлений, невежества и войн. Как и Барбаросса, он ценил общественный порядок выше, чем народную свободу, и считал, что правитель, умело поддерживающий порядок, заслуживает всех роскошных условий содержания. Он допускал определенную степень народного представительства в своем правительстве: дважды в год в пяти пунктах Регно собирались ассамблеи для решения местных проблем, жалоб и преступлений; на эти ассамблеи он созывал не только дворян и прелатов округа, но и четырех депутатов от каждого крупного города и двух от каждого города. В остальном Фридрих был абсолютным монархом; он принял как аксиому основной принцип римского гражданского права — что граждане передали императору единственное право издавать законы. В Мельфи в 1231 году он издал для регентства — в основном благодаря юридическому мастерству и советам Пьеро делле Виньи — Liber Augustalis, первую научно кодифицированную систему законов со времен Юстиниана и один из самых полных сводов законов в истории права. В некоторых отношениях это был реакционный кодекс: он признавал все сословные различия феодализма и сохранял старые права господина на крепостного. Во многом это был прогрессивный кодекс: он лишил дворян законодательной, судебной и монетной власти, сосредоточив ее в руках государства; отменил суд поединком или испытанием; предоставил государственным обвинителям возможность преследовать преступления, которые до сих пор оставались безнаказанными, если никто из граждан не подавал жалобы. В нем осуждались задержки в исполнении закона, судьям рекомендовалось сократить издержки на адвокатов, а суды штата должны были заседать ежедневно, кроме праздников.