Ему было четыре года, когда в Палермо он был коронован королем Сицилии (1198). Его отец умер годом ранее, а мать — годом позже. В своем завещании она просила папу Иннокентия III взять на себя опеку, воспитание и политическую защиту ее сына, предлагая ему взамен хорошее жалованье, а также регентство и возобновленный сюзеренитет Сицилии. Он с радостью согласился и использовал свое положение, чтобы положить конец союзу Сицилии с Германией, которого только что добился отец Фридриха; папы обоснованно опасались империи, которая должна была охватить папские государства со всех сторон и фактически лишить папство свободы и господства. Иннокентий позаботился об образовании Фридриха, но поддержал Оттона IV в борьбе за германский трон. Фредерик рос в пренебрежении, иногда в нищете, так что сострадательным жителям Палермо приходилось иногда приносить королевскому гамину еду.26 Ему позволяли свободно бегать по улицам и рынкам полиглотской столицы и выбирать себе соратников, где ему заблагорассудится. Он не получил систематического образования, но его жадный ум усваивал все, что он слышал или видел; позже мир будет удивляться масштабам и деталям его знаний. В те времена и на тех путях он овладел арабским и греческим языками, а также некоторыми иудейскими преданиями. Он познакомился с разными народами, одеждой, обычаями и вероисповеданием, так и не утратив юношеской привычки к терпимости. Он прочел много томов по истории. Он стал хорошим наездником и фехтовальщиком, любителем лошадей и охоты. Он был невысокого роста, но крепкого телосложения, с «честным и любезным лицом».27 и длинными, рыжими, вьющимися волосами; умный, положительный и гордый. В двенадцать лет он сместил заместителя регента Иннокентия и взял на себя управление страной; в четырнадцать он достиг совершеннолетия; в пятнадцать женился на Констанции Арагонской и отправился возвращать себе императорскую корону.
Фортуна благоволила ему, но за определенную цену. Оттон IV нарушил свое соглашение об уважении суверенитета папы в папских государствах; Иннокентий отлучил его от церкви и приказал баронам и епископам империи избрать императором его молодого подопечного Фридриха, «столь же старого по мудрости, сколь молодого по годам».28 Но Иннокентий, так внезапно повернувшись к Фридриху, не отступил от своей цели — защитить папство. В качестве цены за свою поддержку он потребовал от Фридриха (1212 г.) обещания продолжать выплату дани и феодальных повинностей с Сицилии папе; охранять неприкосновенность папских государств; держать «Две Сицилии» — норманнскую южную Италию и остров — в вечной изоляции от империи; проживать в Германии в качестве императора и оставить Сицилию своему сыну Генриху в качестве короля Сицилии под регентом, который будет назначен Иннокентием; кроме того, Фридрих обязывался поддерживать все полномочия духовенства в своем королевстве, наказывать еретиков и принять крест в качестве крестоносца. Финансируя свой поход и свиту из денег, предоставленных Папой, Фридрих вступил в Германию, все еще удерживаемую армиями Оттона. Но Оттон был разбит Филиппом Августом при Бувине; сопротивление пало, и Фридрих был коронован как император во время пышной церемонии в Ахене (1215). Там он торжественно подтвердил свое обещание предпринять крестовый поход; в полном энтузиазме торжествующей юности он убедил многих принцев дать такую же клятву. На мгновение он показался Германии посланным Богом Давидом, который освободит Иерусалим Давида от наследников Саладина.