В 909 г. арабская династия сирийского происхождения, возводящая свой род к дочери Мухаммеда Фатиме, основала собственный шиитский халифат с центром в Тунисе.
Намереваясь свергнуть власть аббасидских халифов-суннитов в Багдаде и овладеть всем исламским миром, Фатимиды в 969 г. захватили Египет, где основали Каир и возвели великую мечеть аль-Азхар для пропаганды своей разновидности ислама. Египет перестал быть провинцией и превратился в самостоятельное государство, которое при этом было центром религиозного сектантства. Но Фатимидам не удалось широко распространить шиитские взгляды среди жителей Египта, которые в большинстве своем остались приверженцами суннизма.Завоевание Египта и основание Каира было делом рук фатимидского военачальника Джаухара,
грека, принявшего ислам, а создание административной и налоговой системы было заслугой Якуба ибн Киллиса, еврея, тоже перешедшего в мусульманство. Проявляя заботу о сохранении опыта и преемственности, Фатимиды предпочитали назначать на государственные должности коптов. Особенно это касалось ведомств, занимавшихся ирригацией земель, для которой традиционные методы и знания были особенно важны, и сбором государственных доходов, где тщательно продуманная коптская система учета была незаменимой. Однако в первое столетие правления Фати-мидов копты перестали составлять большинство египетского населения.Предшествующие арабские правители не уделяли особого внимания внешней торговле, но
при Фатимидах Египет стал центром густой сети торговых путей, тянувшихся от Индии до Испании, а гавань Александрии была полна кораблей, плывущих в Амальфи, Пизу и Венецию. В середине XI столетия, в период расцвета своего могущества и богатства, Фатимиды держали в своих руках Северную Африку, Сицилию, Египет, Палестину, Сирию и Западную Аравию, но стихийные бедствия, внутренние несогласия и появление на исторической арене турков-сельджуков привели к упадку династии. Ее судьба была решена в 1099 г., когда участники Первого крестового похода после страшного кровопролития захватили принадлежавший Фатимидам Иерусалим.Наступление христиан на мусульманские владения началось практически одновременно в Испании и на Ближнем Востоке. Успех испанской Реконкисты
был многим обязан поддержке, полученной от соседних христианских государств, но на Ближнем Востоке антагонизм между латинской и греческой церквями привел к тому, что византийцы были сначала выведены из игры, а затем, во время Четвертого крестового похода, и вовсе стали жертвой предательства со стороны Запада. Крестовые походы на Ближнем Востоке окончились неудачей еще и потому, что в глазах крестоносцев религиозное значение Иерусалима затмило собой стратегическое значение Египта. Крестоносцы в полной мере смогли ощутить последнее только в 1218 г., когда участники Пятого крестового похода захватили порт Дамьетга в Дельте, а испуганный египетский султан аль-Камиль предложил им взамен Иерусалим. Аль-Камиль был племянником Саладина, основателя династии Айюбидов, который в 1171 г. уничтожил Фатимидский халифат в Каире, вернул Египет в суннитскую веру и в 1187 г. отобрал у латинян не только Иерусалим, но и большую часть Святой земли. После падения Фатимидов и прихода к власти Саладина, который был курдом по национальности, Египтом больше никогда не правили арабы.После смерти Саладина последовали новые нападения на Египет, самым заметным из которых был Седьмой крестовый поход под предводительством французского короля Людовика Святого,
который захватил Дамьетту в 1249 г. Когда крестоносцы продвигались вглубь Дельты, в Каире умер султан ас-Салих, но его вдова Шаджарат ад-Дурр скрыла это и вела войну от его имени, опираясь на войско тюркских рабов. Вскоре эти рабы осознали возможность взять власть в свои руки и положили начало 250-летнему господству мамлюков в Египте.969 г.
Фатимидская армия во главе с Джаухаром, бывшим рабом, а теперь военачальником, входит в Египет, не встречая какого-либо серьезного сопротивления. Джаухар основывает новую столицу в трех километрах к северу от Фустата, которой первоначально дает название Аль-Мансурийя, в честь аль-Мансура, отца фатимидского халифа аль-Муизза (правил в 953–975 гг.)970 г. Турки-сельджуки
вторгаются на территорию халифата Аббасидов с востока.971 г.
В центре своей новой столицы Фатимиды открывают мечеть аль-Азхар, которая одновременно служит богословским учебным заведением и способствует распространению шиитского учения в Египте.973 г. В
июне халиф аль-Муизз прибывает в Египет и поселяется во дворце новой столицы Аль-Мансурийя, которая теперь именуется «Городом победы аль-Муизза» — Аль-Кахира аль-Муиззийя, или просто Аль-Кахира (Каир).