11 сентября 1824 года в правление Московского университета поступило собственноручное прошение Николая Пирогова, сообщавшего, что он происходит «из обер-офицерских детей», от роду имеет «16 лет», «обучался на первое в доме родителей, а потом в пансионе г-на Кряжева и желает ученье свое продолжать в университете, в звании студента». К прошению вместо метрики, приложено выданное 4 сентября 1824 года из московского комиссариатского депо удостоверение о том, что «законно прижитый в обер-офицерском звании» сын комиссионера 9 класса Ивана Пирогова Николай «имеет ныне от роду 16 лет». Представлен также выданный Кряжевым 9 сентября 1824 года аттестат, в котором удостоверяется, что Николай Пирогов обучался в пансионе «катехизису, объяснению литургии, священной истории, российской грамматике, риторике, латинскому, немецкому и французскому языкам, арифметике, алгебре, геометрии, истории всеобщей и российской, географии, рисованию и танцеванию, с отличным старанием при благонравном поведении».

Николай Иванович был допущен к вступительному экзамену. Рассказывая впоследствии об этом важном в его жизни событии, Пирогов писал:

«Я не помню решительно ничего о том, что я чувствовал, когда ехал с отцом в университет на экзамен; но, верно, ни надежды, ни страх не волновали меня чересчур. Вступление в университет было таким для меня громадным событием, что я, как солдат, идущий в бой, на жизнь или смерть, осилил и перемог волнение и шел хладнокровно. Помню только, что на экзамене присутствовал и Мухин, как декан медицинского факультета, что, конечно, не могло не ободрить меня; помню Чумакова, похвалившего меня за воздушное решение теоремы (вместо черчения на доске Пирогов размахивал по воздуху руками), помню, что спутался при извлечении какого-то кубического корня, не настолько, однако же, чтобы совсем опозориться. Знаю только наверное, что я знал гораздо более, чем от меня требовали на экзамене».

Через несколько дней профессора Мерзляков, Котельницкий и Чумаков «донесли» правлению университета, что, «испытав Николая Пирогова в языках и науках, требуемых от вступающих в университет в звании студента, нашли его способным к слушанию профессорских лекций в сем звании».

Мальчика зачислили в студенты и заставили подписать следующее обязательство: «Я нижеподписавшийся сим объявляю, что я ни к какой масонской ложе и ни к какому тайному обществу ни внутри империи, ни вне ее не принадлежу и обязываюсь впредь к оным не принадлежать и никаких сношений с ними не иметь. В чем подписуюсь, студент медицинского отделения Николай Пирогов». Напуганное слухами о заговорах в гвардейской и офицерской среде, правительство Александра I боялось малолетних школьников.

После экзамена отец повез новоиспеченного студента в кондитерскую, где угостил его шоколадом и сладкими пирожками.

В Московском университете

Николай Иванович Пирогов вступил в студенты медицинского факультета Московского университета осенью 1824 года. Науку правившие тогда Россией помещики признавали только такую, которая не противоречила их классовым интересам. Требовалось, чтобы наука была основана на «христианском благочестии», чтобы «не было разногласия между религией и наукой». Наиболее откровенные и ревностные проводники такого взгляда заявляли, что «профессоры безбожных университетов передают тонкий яд неверия и ненависти к законным властям несчастному юношеству». Наука и вытекающее из нее неверие могли бы, по убеждению министерства народного просвещения, «толкнуть это несчастное юношество в разврат», если бы не благоразумные меры начальства.