Папа решил отправиться в Париж для совершения помазания, и эта памятная церемония произошла 2 декабря 1804 года. Пий VII руководствовался в данном случае не мирскими соображениями, как папа Стефан III, призывавший Пипина на помощь против лангобардов, но - безусловно и исключительно - чисто религиозными побуждениями; он воздержался даже от выражения столь естественного желания возвратить себе свои три провинции - Болонскую, Феррарскую и Равеннскую, которые император, впрочем, и не подумал ему предложить и на возвращение которых он даже не подал ему надежды. Все без малейшего исключения требования папы преследовали интересы религии. Ни одно из них не касалось лично его, и он отверг подарки, которые ему предложили для его семьи.
Он покинул Париж 4 апреля 1805 года, оставляя всюду на своем пути глубокое впечатление своими достоинствами и добротой. Наполеон отбыл из Парижа за несколько дней до него; его занимали совершенно иные помыслы, и он не думал выражать признательности святейшему отцу. Папа прибыл в Рим 16 мая, а 26 мая император короновался в Милане королем Италии. Вскоре затем его войска занимают на территории папского государства Анкону. Папа протестует, Наполеон ему не отвечает, но после Аустерлицкого сражения, происшедшего 2 декабря 1805 года, и Пресбургского мира, заключенного 26 декабря, он пишет папе 6 января 1806 года, что он не хочет присвоить себе Анкону, а лишь занял, как защитник папского престола, этот город, чтобы он не был осквернен мусульманами.
Через три месяца после этого, 30 марта 1806 года, Наполеон возводит своего брата Жозефа на неаполитанский престол и просит у папы признания его. Почти одновременно он предлагает ему заключить с ним, императором, наступательный и оборонительный союз и примкнуть к континентальной системе, следовательно, закрыть свои порты для англичан, или, иными словами, объявить им войну. Сделанные в то самое время, когда император попирал конкордат, заключенный им в 1803 году с папой относительно Италии, когда он отнимал имущества у епископских кафедр и монастырей, по своему усмотрению уничтожая те и другие, когда он терзал епископов и священников новыми присягами, подобные предложения не могли быть и не были приняты. Они дали повод для переписки с французскими властями, в которой со стороны римского двора было проявлено много настойчивости, рассудительности и достоинства.
Подобный отказ и такая рассудительность не могли не раздражать императора. 2 февраля 1808 года он занял своими войсками под командованием генерала Миоллиса Рим. Они захватывают замок св. Ангела. Генерал хочет заставить папу под угрозой потери им своего государства согласиться на все предъявленные ему требования; он изощряется в притеснении его, захватывает почту, типографии, велит арестовать двадцать кардиналов, среди которых насчитывается несколько министров, и т. д....
Папа напрасно протестует против этих насилий. Наполеон с ним не считается. 2 апреля он присоединяет к Итальянскому королевству легации - Урбинскую, Анконскую, Мачератскую и Камеринскую - с тем, чтобы превратить их в три департамента. Он конфискует имущество кардиналов, не желающих отправиться на родину. Он разоружает почти всю стражу св. Петра и подвергает аресту дворян, служащих в ней. Наконец Миоллис арестовывает кардинала Габриелле, замещающего государственного секретаря, и опечатывает его бумаги.
17 мая 1809 года Наполеон издает декрет, датированный в Вене, которым он (в качестве преемника Карла Великого) объявляет о присоединении Церковной области к Французской империи и постановляет, что Рим будет свободным имперским городом, что папа сохранит там свою резиденцию и будет получать два миллиона франков дохода. 10 июня он опубликовывает упомянутый декрет в Риме. В тот же день папа заявляет протест против этого грабежа и отказывается от всякой пенсии; перечисляя все допущенные насилия, он издает знаменитую неосторожную буллу об отлучении от церкви виновников, пособников и исполнителей насилий, совершенных в отношении него и папского престола, никого, однако, не называя по имени.
Наполеон был возмущен и, следуя своему первому порыву, написал французским епископам письмо, в котором отзывался почти в революционных выражениях "о том, кто хочет, - говорил он, - поставить вечные цели совести и всех духовных дел в зависимость от преходящих мирских забот".
Увезенный из Рима после того, как он был спрошен о том, согласен ли он отказаться от светской власти Рима и от Церковной области, Пий VII был 6 июля 1809 года доставлен генералом Раде до Савоны, куда он въехал один 10 августа, так как все кардиналы были еще раньше перевезены в Париж.
Для довершения насилий, учиненных над папой, Наполеон опубликовал 17 февраля 1810 года сенатское решение, дававшее старшему сыну императора титул римского короля и постановлявшее сверх того, что император будет вторично помазан в Риме до истечения первых десяти лет своего царствования.