Весной 1941 года, как только появилась возможность, наблюдатели прибыли на Абаканский кордон, но никаких следов Лыкова также не обнаружили. Все было нетронуто, хотя Лыкову разрешалось брать продукты и пользоваться инвентарем. Судя по всему, он здесь больше не был. Оставшиеся на дежурство наблюдатели так и не дождались его прихода. Об этом сообщили дирекции; все терялись в догадках. Было решено после спада коренной воды посетить Лыковых и выяснить причину его исчезновения.

Лыков не появился и к середине июня, когда все сроки посадки огородов давно миновали; значит, что-то изменилось. Что послужило причиной того, что он передумал выходить, что могло его отпугнуть, сейчас сказать трудно. Возможно, он с самого начала в душе не мог принять твердого решения и колебался, поэтому в его разговорах всегда чувствовалась нерешительность и создавалось впечатление, что чего-то он не договаривает. Но Илличевский, например, говорил, что пройдет время, и все встанет на свои места, главное, нам, т. е. администрации заповедника, и вниманием окружить, и не допускать ничего того, что могло бы послужить для Лыкова разочарованием.

Начало войны. Новые обстоятельства. Начало преследования

Но судьба распорядилась иначе. Начавшаяся 22 июня война перепутала все планы, все добрые замыслы. Лыков мгновенно перестал быть фигурой, о которой думали, за которую переживали. Было уже, казалось, не до него, тем не менее недавно назначенный новый директор заповедника Осиевский пытался организовать выезд к Лыкову с целью помочь ему переехать и устроиться на кордоне.

Однако мобилизация на фронт была массовая, так что посылать было некого. Конный нарочный, добравшийся до Абаканского кордона, снял дежурных; все, что было возможно, прибрали, спрятали и в срочном порядке покинули кордон. Началось суровое время.

К концу лета 1941 года сотрудники НКВД взяли на учет все одинокие заимки, стоящие вдали от населенных пунктов, и установили строгий контроль за всеми, кто там проживал. Это делалось с целью исключить места, где бы могли скрываться те, кто дезертировал из армии или отлынивал от призыва. Естественно, обратили пристальное внимание на район Телецкого озера и в особенности на заповедник, как наиболее отдаленный и глухой, где было до десятка кордонов, причем в таких местах, куда по тем временам попасть было довольно сложно. Кроме кордонов заповедника на левом берегу озера были одинокие поселения и два небольших поселка, в которых жили, как в то время говорили, единоличники, а в северной его части, в десятке километров от берега высоко в горах находился золотой прииск. Берега озера, долины его притоков и все окружающие озеро горы покрыты дремучей темнохвойной тайгой, в которой скрываться можно было годами, и никто бы не знал, поэтому эта часть области была под пристальным вниманием органов государственной безопасности.

По Телецкому озеру в те годы курсировал единственный пароходик, принадлежавший заповеднику. Тихоходный, немного шумный и заметный на большом расстоянии. Топливом для него служили обычные дрова, поэтому на пароходе были ручные пилы и топоры. И если не хватало топлива, причаливали в любом месте, пилили плавник и плыли дальше. Из трубы валил дым, а в то время, когда кочегар шуровал в топке, сноп икр поднимался высоко в небо, и в ночное время он был особенно виден. Но регулярных рейсов не существовало. Больше никаких моторных посудин не было и, в случае каких-либо поломок у парохода, связь по озеру сводилась к нулю. Только весельные лодки, вот и вся связь. По берегу ни троп, ни дорог, только в северной части таежная тропа по горам правого берега шла примерно 28 километров от села Артыбаш до поселка Яйлю.

При обсуждении вопроса о кордонах заповедника, глухих местах, где в таежных избушках могли находить пристанище дезертиры, вновь заговорили о Лыковых. Сотрудники НКВД посчитали подозрительным, что он вдруг исчез, и стали настаивать на его выселении из тайги любыми средствами. Возражать было бесполезно, а по военному времени и опасно, хотя дирекция заповедника была уверена, что Лыков в силу своих религиозных убеждений никого не примет и не предоставит никому убежища. Однако возраст Лыкова был призывной, и он обязан был, по существующему закону, принять участие в защите Родины. Это было, разумеется, законное требование, которое должны были ему предъявить и мобилизовать в действующую армию.

Выполняя указ о ликвидации отдаленных заимок, руководство области решило сформировать отряд из пограничников и сотрудников НКВД с целью совершить рейд и проверить огромную таежную часть заповедника на предмет того, не скрывается ли кто в глухих местах и найти Лыковых, вывести их из тайги, хотят они того или нет. К выходу в поход отряд готовился в поселке Яйлю, и вся подготовительная работа проводилась под непосредственным руководством Д. Молокова, которого администрация назначила проводником; помогал ему в подготовке его сын Перфилий.