19 октября Орлов и Геккер сели в поезд: им предстояло начать работу на Урале, в Экспедиции особого назначения. Ефремов пока оставался в Москве — он должен был получить для экспедиции оставшееся снаряжение и оборудование (в частности, психрометры и термометры-пращи). Он с горечью понимал, что его первоначальная идея надёжно спрятать музейные сокровища в Каргалинских рудниках уже не осуществится. В дальней комнате Иван Антонович вырыл блиндаж глубиной два метра, чтобы можно было скрыть от бомбёжки самое ценное. Со всей силой своего воображения он представил себе, как фашисты занимают Москву, как хозяйничают в музее. Он моряк — и драться он будет до последнего.

Вместе с ним в институте оставались четыре женщины: Е. А. Иванова, Е. И. Беляева, Т. А. Добролюбова и Н. В. Кабакович. Оставались до конца, каким бы он ни был. На крайний случай на берегу Москвы-реки, в кустах, была спрятана лодка — можно было посадить в неё хотя бы женщин и отправить вниз по течению, за пределы города.

Что передумал и перечувствовал Иван Антонович за эту страшную неделю? Как переживал за институт и музей, за драгоценные кости, остающиеся в Москве? Как ощущал пульсирующее напряжение фронта, который напрямую угрожает столице?

О его мыслях и чувствах мы узнаём через его рассказы, в которых воплотились мужественные и стойкие характеры моряков («Последний марсель», «Атолл Факаофо»), артиллериста майора Лебедева («Обсерватория Нур-и-Дешт»), лейтенанта Леонтьева («Эллинский секрет»).

Действие фантастической повести «Звёздные корабли» начинается на поле великой танковой битвы, произошедшей в 1943 году. Туда с помощью сапёров пробираются после войны профессор Шатров и майор-танкист, чтобы найти подбитый танк Виктора, бывшего ученика Шатрова. Ученика, разработавшего оригинальную теорию движения Солнечной системы в пространстве, но не успевшего переслать тетрадь с вычислениями своему учителю: танковую часть стремительно бросили в бой и Виктор погиб. В разбитом прямым попаданием танке Шатрову удалось отыскать заветную тетрадь.

Иван Антонович знал, что даже в аду войны человек стремится к знанию, к звёздам. Эта устремлённость помогает выносить труднейшие условия жизни.

25 октября 1941 года Ефремов выехал из Москвы в Свердловск.

И только через месяц, 29 ноября, Палеонтологический институт, а 1 декабря — музей в присутствии комиссии Академии наук были переданы на хранение уполномоченным ПИНа в Москве Татьяне Алексеевне Добролюбовой и Наталье Васильевне Кабакович.

В ночь на 1 декабря сотрудники и курсанты Военно-морской медицинской академии, в числе которых был военврач первого ранга, профессор нормальной анатомии Алексей Петрович Быстров, покинули блокадный Ленинград. Пройдя 30 километров по льду Ладожского озера, они при свирепом морозе совершили пеший марш по тылам Волховского фронта, через Сясьстрой — это ещё 300 километров.

Академия была эвакуирована в Киров. В голодном, замерзающем городе оставалась Тильда Юрьевна, жена Быстрова. Она будет эвакуирована только летом 1942 года вместе с членами семей сотрудников ВММА, пережив самую страшную зиму блокады.

Александра Паулиновна Гартман-Вейнберг, тоже остававшаяся в Ленинграде, умрёт, как многие тысячи ленинградцев…

В 1941 году на фронте погиб младший брат Ивана Антоновича Василий.

В Москве тоже готовились к эвакуации. 4 декабря Иванова и Беляева с ящиками, в которых были упакованы самые ценные коллекции, выехали поездом в Алма-Ату.

5 декабря Красная армия перешла в контрнаступление, отбросив врага от столицы.

Экспедиция особого назначения

Приехав в конце октября 1941 года в Свердловск, Ефремов встретился с руководителем экспедиции А. Е. Ферсманом и представителем Наркомата обороны Е. А. Гавриловым. Экспедиция в Свердловске была обставлена солидно: для работы выделили превосходные помещения, у подъезда постоянно дежурили две автомашины, питание получали в различных закрытых столовых и распределителях.

Получив снаряжение, Ефремов отправился на полуторке в Уфу — это более 500 километров. Почти месяц он «проскребался» по уральским снегам, в лютый мороз — в фанерной кабине полуторки.

В Уфе Иван Антонович узнал о бедственном положении чкаловской группы, базирующейся в Каргале, на хуторе Горном. В эту группу входила и Елена Дометьевна. Оказалось, что обещанное снаряжение к сотрудникам так и не прибыло, нет тёплых вещей, обуви, свечей, кончились даже записные книжки. Отряд, вооружённый единственным компасом, рано утром выходил на место — девять километров дороги по сугробам туда и обратно занимали три с половиной часа. На работу оставалось всего четыре часа. Инструкция, первоначально данная Ефремовым Б. Б. Родендорфу, была исчерпана. Однако с пищей дело обстояло хорошо, по крайней мере хлеба было много, и это серьёзный плюс.

Из Уфы, нагруженный тёплыми вещами и оборудованием, Ефремов кинулся в Чкалов, уже понимая, что настоящая работа из-за снегов практически невозможна, и размышляя, можно ли часть сотрудников перевести в Алма-Ату.