Вывод — положение с указанными Музеями должно быть исправлено и исправлено немедленно. Всяческие отлагательства в этом вопросе снова ведут к 10-летнему сроку, а это не решение. Мы не можем поверить, чтобы в нашей стране не было никакой возможности скорого разрешения этого позорного для Академии случая. Если постройка (немедленная) специального здания в настоящее время нереальна, нужно передать эти музеи незамедлительно обратно в Ленинград, в Киев, в Тбилиси, в Алма-Ату, в какой-либо крупный центр, где здание для таких музеев найдётся, если столица СССР в силу неумелости руководства Академии не может обеспечить переведённые в неё музеи помещением.

Поэтому, пробившись с самого момента переезда в Москву, вместе с другими товарищами, пять лет над восстановлением Палеонтологического Музея и видя полную бесплодность всех попыток (более того, положение Музея не улучшилось, а ухудшилось), мы обращаемся к Вам, глубокоуважаемый и дорогой Иосиф Виссарионович, с великой просьбой разрубить наконец узел бюрократических записок, отписок, комиссий и прекратить исключительное безобразие, проделываемое с указанными музеями Ак. Наук.

Зав. Отд. высших позвоночных Палеонтологического института Академии Наук СССР:

профессор (Ю. А. Орлов).

Зав. Отд. низших позвоночных Палеонтологического института: (И. А. Ефремов).

11 декабря 1939 г.

Москва, 71, Б. Калужская, 75, Палеонтологический институт Академии Наук СССР».

Второе письмо Сталину осталось лежать в архиве.

Почему оно не было отправлено?

Последние годы показали, что проблемы решаются главным образом не путём постройки новых зданий, а путём уничтожения людей. В этих условиях мольба о сохранении научного наследия могла обернуться угрозой не только для жизни авторов письма, но и других сотрудников института. А этого Ефремов никак не мог допустить.

Защита докторской диссертации

Геологическая романтика ленинградского периода сменилась упорной кабинетной работой, прерываемой не очень длительными экспедициями, главным образом в Поволжье и Предуралье.

В 1939 году Ефремов последний раз проводил раскопки в Ишееве. Это лето — одно из самых безмятежных в его семейной жизни. Все были вместе: он, Елена, маленький Аллан. В работе участвовал Ян Мартынович Эглон, он взял с собой трёхлетнего сына Юру. Дружный коллектив, шутки, смех…

По итогам раскопок Ефремов дал общую характеристику захоронения и ископаемой фауны Ишеева и описал наиболее интересных ящеров — крупного хищного ящера Titanophoneus и примитивного растительноядного аномодонта Venjukovia (позже этого ящера выделили в новый род Ulemica).

Иван Антонович обобщил литературные сведения, систематизировал полевые наблюдения над условиями захоронения скелетных остатков. Так закладывались основы тафономии — новой науки о закономерностях захоронения ископаемых останков.

Постепенно публикуются стратиграфические схемы Ефремова, описание улемозавра, статьи на русском и английском языках. В 1940 году была опубликована совместная с А. П. Быстровым монография о бентозухе с Шарженьги.

Учёный считал, что при анализе закономерностей захоронений необходимо учитывать все известные местонахождения, и составил систематизированную их картотеку. Позже эта картотека легла в основу «Каталога местонахождений пермских и триасовых наземных позвоночных на территории СССР».[149]

Одновременно Ефремов активно участвует в издании «Палеонтологического обозрения» («Приложения к трудам Палеонтологического института АН СССР»), где публикует обзоры важнейшей мировой литературы по древнейшим позвоночным.

В 1940 году в Академии наук состоялось заседание, посвящённое восьмидесятилетию выхода в свет знаменитой книги Чарлза Дарвина «Происхождение видов». Дарвин одним из первых обратил внимание, что геологическая летопись Земли не может считаться полной. Ефремов выступил на этом заседании с докладом, посвящённым закономерностям местонахождений ископаемых останков.