Еще с начала III тысячелетия до н. э. Хор
идентифицировался с царем, поэтому Птолемеи стремились связать свою династию с этим божеством. Отцом Хора считался Осирис, который был убит своим братом Сетом, но Исиде удалось оживить мертвое тело Осириса. Поэтому эта богиня играла важную роль в представлениях о передаче царственности от мертвого фараона-Осириса к живому царю-Хору. Именно по этой причине культ Исиды был тоже важен для Птолемеев, которые особо выделяли в нем один аспект: в эллинистическом храме Исиды на острове Филэ возле Асуана Исида была изображена кормящей младенца-Хора, который символизировал царя. В мифах Исида, скорбящая над телом Осириса и радующаяся при рождении Хора, выступала как эмоционально сильная и всемогущая богиня, в обращении к которой искали утешения и египтяне, и греки. Со временем ее образ впитал в себя черты всех остальных средиземноморских богинь. Поэтому неудивительно, что царицы из дома Птолемеев, особенно Арсиноя, супруга Птолемея II, и последняя Клеопатра, желали отождествить себя с Исидой.Птолемей I Сотер I предвосхитил такое явление, как религиозный синкретизм, учредив культ Сераписа
с намерением объединить с его помощью греков и египтян. В Мемфисе египетские жрецы оказывали почести священному быку Апису, который при жизни символизировал бога Птаха, а после смерти отождествлялся с Осирисом. Птолемей соединил в одном божестве черты Аписа и греческого Диониса, сделал его внешне похожим на Зевса, но более мягким и добрым — скорее целителем, чем владыкой. Корзина на голове Сераписа указывала на то, что он был еще и богом урожая. В Александрии было построено огромное святилище — Серапеум, откуда его культ, подобно культу Исиды, распространился по всему Средиземноморью.246 г. до н. э. Птолемей III Эвергет I
(правил в 246–221 гг. до и. э.) восходит на трон после смерти отца. Он делает крупные пожертвования храмам и культовым центрам (о чем свидетельствует его прозвище «Эвергет» — «благодетель»), особенно выделяя культ быка Аписа в Мемфисе и Саккаре. В число его построек входят монументальные ворота храмового комплекса в Карнаке и Серапеум — храм Сераписав Александрии, где находилась «Малая» библиотека, дочерняя по отношению к Великой Библиотеке.237 г. до н. э.
Птолемей начинает строительство храма Хора в Эдфу, который будет завершен лишь в 57 г. до н. э.Птолемей IV Филопатор
унаследовал сильное и крепкое царство, но из-за бездействия, потакания собственным прихотям и безразличия в выборе людей для государственной администрации он оставил Египет в ослабленном состоянии, из которого стране уже не удастся выйти в дальнейшем. Военные поражения за границей вели к постепенному разрушению огромной державы, что в свою очередь сыграло свою роль в упадке экономики внутри страны. В этот период начинаются внутриполитические разногласия, со вспышками народных мятежей в Александрии и восстаниями в Верхнем Египте. Обстановка осложнялась династическими распрями, которые теперь стали характерной чертой правления Птолемеев. Ничто из перечисленного не благоприятствовало развитию культуры и науки, поэтому величие и блеск Александрии во II столетии до н. э. постепенно блекнут, возрождаясь в некоторой степени лишь при Клеопатре VII, последней царице династии.Все эти процессы шли на фоне роста могущества Рима.
Перед лицом единого фронта греческих государств римляне вряд ли смогли бы, или даже захотели, двигаться на восток. По сути, с Египтом, который в 273 г. до н. э. подписал с Римом договор о дружбе и возобновил его через столетие, проблем было меньше всего; скорее всего Рим впервые вмешался в восточные дела с целью противодействовать честолюбивым стремлениям греческих правителей, царствовавших в Македонии и Сирии. Они заключили союз с Ганнибалом, который оставался самым опасным противником Рима даже после поражения 202 г. до н. э. Во II веке до н. э. застарелые разногласия между египетскими Птолемеями, сирийскими Селевкидами и македонскими Антигонидами создавали условия для римского вмешательства в дела Восточного Средиземноморья, если не сказать — требовали его. Прекращение притока греческих иммигрантов с рубежа III–II столетий до н. э. было, по-видимому, не только следствием уступки Птолемеями в пользу Селевкидов своих территорий в Малой Азии и на Эгейских островах, но и расплатой за непринятие должных мер по укреплению безопасности в стране. Угроза стала серьезной после битвы при Рафии в 217 г. до н. э., когда нехватка греческих воинов